O Programa oferece um curso de mestrado profissional em Ensino de Ciências, recomendado pela Capes com conceito 4. O objetivo do curso é contribuir com a melhoria da qualificação profissional de professores de Ciências do nível básico, e das Licenciaturas em Ciências ou afins, com base no desenvolvimento de conteúdos de Ciências; de aspectos teóricos, metodológicos e epistemológicos relativos ao Ensino de Ciências; além do uso de novas tecnologias no ensino.
O corpo docente é composto por professores dos Institutos de Física, Química e Ciências Biológicas, além das Faculdades de Educação e UnB Planaltina, que atuam em três linhas de pesquisa: Ensino-Aprendizagem em Ciências da Natureza em seus múltiplos aspectos; Formação de Professores de Ciências da Natureza e Educação Científica e Cidadania.
O mestrado profissional em Ensino de Ciências da UnB tem contribuído para a consolidação de um importante pólo de pesquisa e formação docente em Ensino de Ciências nesta universidade. Como consequência, ampliam-se as perspectivas de produção acadêmica sobre formação de professores de ciências; ensino-aprendizagem, contemplando a produção e avaliação de materiais didáticos; além da produção sobre as relações entre educação científica e cidadania. As dissertações desenvolvidas no PPGEC, que em 2013 atingiram o marco da 100ª defesa, ratificam esse entendimento.