Desde a criação dos cursos noturnos de Licenciatura da Universidade de Brasília, em 1993, emergiu a perspectiva de fortalecimento das respectivas áreas de Ensino, principalmente as de Biologia, Física, Química e Matemática, por meio da consolidação de um Programa multidepartamental de Pós-Graduação que atendesse às necessidades constatadas no contexto educacional dos ensinos médio e fundamental.
De modo informal, ao longo do tempo, os docentes das respectivas Unidades, envolvidos diretamente com a pesquisa em ensino, trocaram ideias em torno das possibilidades efetivas daquela iniciativa, aguardando o contexto apropriado, caracterizado pela massa crítica exigida, bem como pela determinação política das respectivas Unidades Acadêmicas em fortalecer as Áreas, no âmbito da pós-graduação. O percurso de cada Área, em cada Unidade Acadêmica, foi naturalmente distinto, embora sempre persistindo o anseio comum de consolidação de um novo Programa de Pós-Graduação em Ensino.
A implementação do Programa de Pós-Graduação em Ensino de Ciências na UnB, em 2004, se deu por meio da criação do Curso de Mestrado Profissionalizante em Ensino de Ciências, inicialmente com as áreas de concentração Ensino de Química e Ensino de Física. Em 2007, com a agregação do Instituto de Ciências Biológicas, o Programa criou a área de Ensino de Biologia.
Desde 2010, o PPGEC/UnB tem ampliado seu quadro de docentes por meio do credenciamento de novos orientadores, o que é fruto de uma maior aproximação do Programa a professores que atuam no curso de Licenciatura em Ciências Naturais da Faculdade UnB Planaltina. Além disso, o programa passa a contar em seu quadro docente com professores da Faculdade de Educação da UnB.
Em 2012, entrou em vigor o novo regulamento do PPGEC/UnB, aprovado na 14ª Reunião de seu Colegiado realizada em 17/08/2011, que institui a mudança para uma única área de concentração denominada Ensino de Ciências. Com isso, também foram reconfiguradas as linhas de pesquisa do Programa, resultando em: Ensino-Aprendizagem em Ciências da Natureza em seus múltiplos aspectos; Formação de Professores de Ciências da Natureza e Educação científica e cidadania.
O curso de mestrado profissional em Ensino de Ciências da UnB tem contribuído para a consolidação de um importante pólo de pesquisa e formação docente em Ensino de Ciências na UnB. Como consequência, ampliam-se as perspectivas de produção acadêmica sobre formação de professores de ciências; ensino-aprendizagem, contemplando a produção e avaliação de materiais didáticos; além da produção sobre as relações entre educação científica e cidadania. As dissertações até agora defendidas no PPGEC ratificam esse entendimento. O Programa possui atualmente o conceito 4 da Capes, tendo realizado em 2013 sua 100a defesa de dissertação.